Alpha Protocol é uma promessa antiga de uma parceria forte de empresas: Sega e Obsidian Entertainment (produtora de Neverwinter Nights 2). Diversos experts no mundo dos games encaram o título como incomum e criativo, pois aborda o gênero RPG de uma maneira diferente e atual envolvendo espionagem moderna.

No game, o jogador controla o agente Michael Thorton, que se vê em apuros após uma missão de sua agência ter falhado. Descartado pelo governo, por ironia, Thorton é o único com a informação necessária para impedir uma catástrofe de proporções internacionais