O jogador está no papel de Darius Mason, neto do protagonista do título anterior da série, Red Faction: Guerrilla. Agora que a superfície do planeta está devastada, é hora de brigar nos subterrâneos. Remodelado, o game busca contar uma história mais épica, através de uma narrativa em terceira pessoa mais coerente e direcionada — em contraste ao mundo extremamente aberto de seu predecessor, que deixava vários momentos “parados” no game, já que nada estava acontecendo.